Workshop

Bioinformatica fără frontiere: de la infrastructura de date la aplicații multidisciplinare

Bioinformatics without frontiers: from infrastructure to multidisciplinary applications

11-12 Aprilie 2023

Eveniment organizat în cadrul Smart Diaspora 2023 la Universitatea de Vest din Timișoara

Conferința ”Smart diaspora 2023 ” își propune să creeze un spațiu al dialogului și al colaborării între cercetători români, indiferent de locul unde trăiesc și lucrează, continuând seria întâlnirilor comunității științifice românești din țară și străinătate începută în anul 2008. La conferință sunt invitate persoane marcante din comunitatea academică și științifică recunoscute pe plan internațional, precum și reprezentanți ai autorităților publice și mediului de business românesc. În cadrul sesiunilor în plen și a workshop-urilor exploratorii, participanții vor avea oportunitatea de a dezbate teme de interes care vizează știința la frontiera cunoașterii; provocarea digitalului; sustenabilitatea, securitatea și reziliența pentru cetățeni și comunități; știința cu toți și pentru toți în societate și pentru societate; antreprenoriat (social, tehnologic, cultural); universitățile europene prin ochii smart diaspora.

 

 

"Smart Diaspora 2023" conference aims to create a space for dialogue and collaboration between Romanian researchers, regardless of where they live and work. It continues the series of meetings of the Romanian scientific community at home and abroad that started in 2008. The conference will be attended by internationally renowned personalities from the academic and scientific community, as well as by representatives of public authorities and the Romanian business environment. During plenary sessions and exploratory workshops, participants will have the opportunity to debate topics of interest concerning science at the frontier of knowledge; the digital challenge; sustainability, security and resilience for citizens and communities; science with all and for all in society and for society; entrepreneurship (social, technological, cultural); European universities through the eyes of the smart diaspora.

Workshopul “Bioinformatica fără frontiere: de la infrastructura de date la aplicații multidisciplinare” țintește să crească expertiza națională prin instruire și prin dezvoltarea cadrului de colaborare dintre experți internaționali și cercetătorii din România. Ne propunem să aducem laolaltă în cadrul acestui eveniment nume cu rezonanță în domeniu, cercetători din Diaspora sau colaboratori apropiați ai acestora. Cele șase sesiuni ale workshopului vor găzdui experți în diverse arii ale bioinformaticii (genomică, proteomică, metabolomică și bioinformatică structurală), în resursele de date și de calcul de înaltă performanță, cât și experți în cercetare fundamentală experimentală care beneficiază direct de infrastructură și metodele computaționale.

Workshop-ul țintește integrarea resurselor într-o platformă națională dedicată și elaborarea unui roadmap pentru dezvoltarea în România a infrastructurii computaționale și a resurselor de date specifice. Acesta se va realiza sub egida Societății Române de Bioinformatică și a Clusterului Român de Bioinformatică.

 

 

The workshop "Bioinformatics without frontiers: from data infrastructure to multidisciplinary applications" aims to increase the national expertise through training and by developing the framework for collaboration between international experts and Romanian researchers. We aim to bring together leading names in the field, researchers from the Diaspora or their close collaborators. The six workshop sessions will host experts in various areas of bioinformatics (genomics, proteomics, metabolomics and structural bioinformatics), high-performance computing and data resources, as well as experts in basic experimental research directly benefiting from computational infrastructure and methods.

The workshop aims to integrate the resources into a dedicated national platform and to develop a roadmap for the development of Romania's computational infrastructure and specific data resources. It will be carried out under the aegis of the Romanian Bioinformatics Society and the Romanian Bioinformatics Cluster.

 

 Vitalie AjderInstitutul de Ecologie si Geografie din Chișinău, Republica MoldovaVitalie Ajder este biolog și ornitolog cu experiență în cercetarea de teren. Din 2010, este implicat în diverse proiecte de monitorizare a avifaunei (atât în ​​România, cât și în Republica Moldova). Și-a început activitatea științifică la Institutul de Ecologie și Geografie în 2013 la Academia de Științe din Moldova. Și-a finalizat studiile la Universitatea „Alexandru Ioan Cuza” din Iași, iar în 2017 și-a susținut teza de doctorat în ecologia speciei de chiripă (familia Lanidae) din Republica Moldova. Este coordonator național la Wetlands International din 2013, iar din 2016 face parte din echipa națională de coordonare a proiectului „A New European Breeding Bird Atlas” (EBBA2).
Nicolae Viorel BucheteUniversity College Dublin, IrelandNicolae-Viorel Buchete este profesor asociat de Nano-Biofizică teoretică și computațională la Facultatea de Fizică din cadrul University College Dublin (UCD).  Domeniile de cercetare sunt biofizica teoretică și computațională, fizica chimică și nanoștiințele. Proiectele de cercetare în curs de desfășurare în grupul său de la UCD se referă la mecanica statistică și dinamica moleculară a sistemelor biomoleculare, biologia sistemelor, bioinformatica structurală și modelarea multiscală a biomoleculelor și fluidelor complexe.
Valeriu CodreanuSURF NetherlandsValeriu Codreanu este coordonatorul Laboratorului de Calcul de Inaltă Performanță și Vizualizare de la SURF (centrul national de calcul de inalta performanta din Tarile de Jos. Are experiență în calcul paralel, calcul pe GPU,programarea sistemelor încorporate și implementarea eficientă a modelelor de învățare automată cu structură adâncă (deep learning).
Gabriela FiczBarts Cancer Institute, UKGabriela Ficz este liderul unui grup de cercetare având ca domeniu principal de interes studiul rolulului mecanismelor epigenetice în declanșarea și primele stadii de dezvoltare ale cancerului.
Ioana IlieUniversity of Amsterdam, The NetherlandsIoana Ilie este lidera grupului de chimie computațională din cadrul Universității din Amsterdam.  Domeniile de interes includ simularea multiscala a sistemelor biomoleculare, terapii bazate pe peptide în cazul bolilor neurodegenerative,  captare celulară și terapii neinvazive.
Florin Mircea IliescuUniversity of Cambridge, UKFlorin Iliescu este cercetător la Departamentul de Antropologie Biologică de la Universitatea din Cambridge și este interesat de istoria și variația populațiilor umane. Lucrează în domeniul interdisciplinar aflat la granițele dintre genetică, evoluție și antropologie. Direcția de cercetare pe care o urmează are ca scop îmbunătățirea înțelegerii diferitelor forțe evolutive și a interacțiunii lor complexe care conduc la variația fenotipică umană.
Irina MohorianuCambridge Stem Cell Institute, UKIrina Mohorianu este coordonator al grupului CSCI Core Bioinformatics de la Cambridge Cell Institute. Domeniul principal de cercetare îl reprezintă studiul seturilor mari de date care cuantifică ARNm și nivelurile mici de expresie a ARN, atât la plante cât și la animale. Pentru a identifica și caracteriza interacțiunile specifice aplicăm tehnici de învățare automată (cum ar fi învățarea bazată pe reguli, nesupervizată și și supervizată) pentru datele care obținute prin secvențiere de ultimă generație.
 Nicolae Radu Zabet Blizard Institute, Barts and The London School of Medicine and Dentistry, Queen Mary University of London, UKNicolae Radu Zabet coordonează un grup de cercetare care lucrează la înțelegerea modului în care diferitele mecanisme contribuie la reglarea genelor și, în special, ne propunem să decodificăm rolul relativ al reglării genice a cromatinei și epigeneticii (metilarea ADN-ului și modificări ale histonelor), organizarea genomului 3D și factorii de transcripție (TF). Suntem foarte interdisciplinari și combinăm biologia computațională, învățarea automată, IA, genomica și biologia moleculară. Principalele contribuții în domeniu constau în prima aplicare a IA explicabile la seturile de date genomice pentru a înțelege codul epigenetic al regiunilor de reglementare. A dezvoltat modele explicabile pentru predicția in silico a legării factorului de transcripție la ADN, metode noi de identificare a metilării diferențiale și a contribuit la o mai bună înțelegere a interacțiunii dintre organizarea genomului 3D și reglarea genelor.

 

 

Gerhard HummerMax Planck Institute for Biophysics, Frankfurt, DEGerhard Hummer is a director of the Max Planck Institute for Biophysics in Frankfurt and a world leader in the field of computational molecular biophysics. His research group has many seminal discoveries that revealed how biomolecular machineries function at high resolution. Among these, the recent simulations of the nuclear pore complex are astonishing. His group is using and developing state-of-the-art theoretical and computational methods supported by the scientific computing infrastructure of the Max Planck Society.
Szilvia KuszaUniversity of Debrecen, HUSzilvia Kusza is a professor at the Faculty of Agriculture at the University of Debrecen. Her research field is genomics and the study of biodiversity in a livestock context.

 

Maria-Iuliana Bocicor Universitatea Babeș-Bolyai, Cluj-Napoca Maria Iuliana Bocicor e conferențiar la Departamentul de Informatică, Universitatea Babeș-Bolyai. Direcțiile de cercetare sunt orientate înspre dezvoltarea modelelor de învățare automată și a algoritmilor de optimizare și analiză a datelor, cu aplicații în bioinformatică.
Ana-Nicoleta Bondar Universitatea din București Ana-Nicoleta Bondar este profesor la Universitatea din București și cercetător asociat la Research Center Juelich din Germania. Domeniile principale de cercetare sunt bio-medicina computațională și biofizica computațională.
Vasile Chiș Universitatea Babeș-Bolyai, Cluj-Napoca Vasile Chiș este profesor la Departamentul de Fizică biomoleculară de la UBB și defășoară activitate de cercetare în domeniul spectroscopiei computaționale, structurilor electronice și proprietăților fizico-chimice ale biomoleculelor.
Lorant Janosi INCDTIM Cluj-Napoca Lorant Janosi este cercetător științific în grupul de Tehnologii moleculare și biomoleculare. Direcțiile principale de cercetare includ: modelare moleculară, modelarea multiscală a proteinelor,  proiectare și generare de peptide sintetice scurte antimicrobiene / anticancerigene, studiul asocierii și mecanismele de transport ale canalelor transmembranare.
Honey Jain Universitatea din București Honey Jain este asistent de cercetare la Universitatea din București, în cadrul grupului coordonat de prof. Ana-Nicoleta Bondar. Activitatea de cercetare pe care o derulează cuprinde dezvoltarea de algoritmi pentru calculul eficient al legăturilor dinamice de hidrogen și al rețelelor de legături de hidrogen ale proteinelor și membranelor lipidice, precum și aplicarea acestor algoritmi in descifrarea mecanismelor de reacție. Activitatea e desfășurată în cadrul proiectului H2020 - Marie Sklodowska-Curie action, Innovative Training Network "Proton and proton-coupled transport", 2019-2024.
Maria Mernea Universitatea de Medicină și Farmacie, Carol Davila, București Maria Mernea este lector la Universitatea de Medicină și Farmacie Carol Davila din București și cercetător la Centrul de Cercetare în Neurobiologie și Fiziologie Moleculară, direcțiile principale de cercetare fiind modelarea moleculară și neurobioinformatica.
Marius Mihășan Universitatea Alexandru Ioan Cuza din Iași Marius Mihășan este profesor de biochimie la Universitatea "Alexandru Ioan Cuza" din Iași, Facultatea de Biologie, România. Desfășoară activitate de cercetare în biologie moleculară, biochimie, bioinformatică.
Andrei Petrescu Institutul de Biochimie al Academiei Române, Bucuresti Andrei Petrescu este directorul Departamentului de Bioinformatică și Chimie structurală de la Institutul de Biochimie al Academiei Române și desfășoară activitate de cercetare în biochimia structurală, bioinformatică, bio-calcul cu rezultate relevante în domeniile glicobiologiei și imunobiologiei.
Anca Lelia Riza Universitatea de Medicină și Farmacie, Craiova Anca Lelia Riza este cercetător, cu afiliere și la Radboud University Medical Centre, Nijmegen, în domeniul biologiei moleculare și geneticii.
Emil Slusanschi Universitatea Politehnica Bucuresti Emil Slusanschi este directorul Departamentului de Știința Calculatoarelor și Inginerie de la UPB. Direcțiile de cercetare sunt corelate cu infrastructuri de calcul de înaltă performanță (High Performance Computing), calculul științific și aplicații ale acestuia în diferite domenii (simularea dinamicii moleculare, simularea proceselor hidrodinamice, procesarea imaginilor etc.).
Laurențiu Spiridon Institutul de Biochimie al Academiei Române, Bucuresti Laurențiu Spiridon este membru al grupului de cercetare "Biologia îmbătrânirii, bioinformatică și biologie structurală" și a obținut rezultate în domeniul dezvoltării unor strategii de predicție, folosind instrumente multi-OMICS, precum și prin utilizarea algoritmilor de învățare automată pentru detecția șabloanelor neregulate în proteine etc.
Stefan Andrei Muzeul Național de Istorie Naturală „Grigore Antipa” Andrei Stefan este cercetător științific la Muzeul Național de Istorie Naturală Grigore Antipa și desfășoară activitatea de cercetare în bioinformatică, în particular izolare ADN și amplificare prin metoda PCR (polymerase chain reaction) precum și în studiul diversității genetice și a diversității moleculare.
Ovidiu Schipor Universitatea Stefan cel Mare din Suceava Ovidiu Schipor este conferențiar la Departamentul de Calculatoare de la Universitatea Stefan cel Mare din Suceava și cercetător în cadrul laboratorului Machine Intelligence and Information Visualization Research Lab.  Direcțiile principale de cercetare sunt interacțiune om-mașină și tehnologii asistive. Coordonează Centrul interdisciplinar de Cloud și Infrastructură masivă de date.

Vlad Cojocaru Utrecht University/Universitatea Babes- Bolyai, Cluj-Napoca
Bogdan Mirăuță  Eagle Genomics, UK
Alexandru Mizeranschi Stațiunea de Cercetare-Dezvoltare pentru Creșterea Bovinelor, Arad
Lucian Pârvulescu Universitatea de Vest din Timișoara
Daniela Zaharie Universitatea de Vest din Timișoara

Luni, 10.04  / Monday, 10.04
16:00 - 18:00 Participants registration
18:00 - 20:00 Conference Opening (Opera Națională Română din Timișoara)
20:00 - 22:00 Networking (Opera Națională Română din Timișoara)
Marti, 11.04  / Tuesday, 11.04
09:00 - 09:10 Vlad Cojocaru Introduction Utrecht University, NL / Babes Bolyai University, Cluj-Napoca, RO
Session 1 Genome and Epigenome Regulation Chair: Radu Zabet
09:10 - 09:40 Gabriela Ficz New age data science and wet lab biology: it's a symbiotic relationship Cancer Research UK
09:40 - 10:10 Anca Lelia Riza Functional genomics in sepsis Universitatea de Medicină și Farmacie, Craiova, RO
10:10 - 10:40 Marius Mihășan Steps towards the multi-omics characterization of nicotine metabolism in Paenarthrobacter nicotinovorans ATC 49919 Universitatea Alexandru Ioan Cuza din Iași, RO
10:40-11:10 Coffee break
Session 2 Artificial Intelligence in Bioinformatics Chair: Gabriela Ficz
11:10 - 11:40 Irina Mohorianu Bridging algorithm optimisation and genetics: a shiny case study on bulk multi-omics data University of Cambridge, UK
11:40 - 12:10 Radu Zabet Using Explainable Artificial Intelligence to decipher the epigenetic code of enhancers Queen Mary University of London, UK
12:10 - 12:30 Iuliana Bocicor Machine Learning Models for Solving Problems in Bioinformatics Babes Bolyai University, Cluj-Napoca, RO
12:30 - 13:40 Lunch
Session 3 Genomics in Biodiversity Conservation Chair: Lucian Pârvulescu
13:40 - 14:20 Szilvia Kusza Bionformatics approaches for livestock species University of Debrecen, HU
14:20 - 14:40 Andrei Stefan Phylogeography and cryptic diversity: a case study of water scorpions (Nepa spp.) Museum of National History „Grigore Antipa”, RO
14:40 - 15:00 Vitalie Ajder Bird diversities in the Republic of Moldova Institutul de Ecologie și Geografie din Chișinău, Republica Moldova
15:00 - 15:40 Mircea Iliescu Science for all in Genomic Era University of Cambridge, UK
15:40 - 16:00 Coffee break
Session 4 High Performance Computing Chair: Alexandru Mizeranschi
16:00 - 16:40 Valeriu Codreanu HPC ecosystem in the Netherlands: Best practices and new developments SURF, Dutch National HPC Center, NL
16:40 - 17:00 Emil Slusanschi High Performance Scientific Computing - from Simulation to Optimisation Technical University of Bucharest, RO
17:00 - 17:20 Laurentiu Spiridon Robosample: Facilitating the Scaling-up of Molecular Simulation in Both Size and Time via Gibbs Sampling Hamiltonian Monte Carlo Biochemistry Institute of the Romanian Academy, Bucharest, RO
17:20 - 18:00 Ovidiu Schipor, Andrei Lobiuc, Silviu Panica HPC infrastructures in Romania
18:00 – 21:00 Dinner/Networking Event (common between workshops)
Miercuri, 12.04 / Wednesday, 12.04
Session 5 Structural Bioinformatics I chair: Vlad Cojocaru
09:00 - 09:40 Gerhard Hummer Simulations of membrane pores and the nuclear pore complex Max Planck Institute for Biophysics, Frankfurt, DE
09:40 - 10:00 Vasile Chis The role of computational spectroscopy for predicting the biomolecular properties Babes Bolyai University, Cluj-Napoca, RO
10:00 - 10:30 Ioana Ilie From folding to aggregation and inhibition of amyloidogenic polypeptides: a multiscale view University of Amsterdam, NL
10:30 - 10:50 Lorant Janosi Antimicrobial Peptides - In Silico Design and Experimental Validation ITIM National Research Institute, Cluj-Napoca, RO
10:50 - 11:10 Coffee Break
Sesiune 6 Structural Bioinformatics II chair: Ioana Ilie
11:10 - 11:40 Viorel Buchete NanoInformatix - Atomistic Descriptors of Nanoparticle Protein Corona Structures University College Dublin, IR
11:40 - 12:00 Andrei Petrescu Bioinformatics and Biocomputing aided Experimental Research Biochemistry Institute of the Romanian Academy, Bucharest, RO
12:00 - 12:20 Maria Mernea THz spectroscopy and molecular modeling to investigate membrane proteins University of Bucharest, RO
12:20 - 12:50 Nicoleta Bondar / Honey Jain Water-mediated hydrogen-bond networks at proton-binding membrane Juelich Research Center, DE / University of Bucharest, RO
12:50 – 13:00 Concluding remarks of the workshop
13:00 – 14:00 Lunch
14:00 – 17:30 Transversal workshop "Brain drain, brain gain"
19:30 – 21:00 Networking event
Joi, 13.04 / Thursday, 13.04
9:00 – 11:00 Conclusions of the exploratory workshops
11:00 – 11:30 Coffee break
11:30 – 13:00 Conclusions of Smart Diaspora 2023
13:00 – 17:00 Lunch and Trip

Vlad Cojocaru <vlad.cojocaru@ubbcluj.ro>

Daniela Zaharie <daniela.zaharie@e-uvt.ro>

Universitatea de Vest din Timișoara

Blvd. Vasile Pârvan, nr. 4

300223 Timișoara

Romania